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Syndicat des Internes des Hôpitaux de Paris

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Faire une recherche bibliographique…..

La galère de l’interne ?

Faire une bibliographie et écrire son premier papier tient parfois du parcours du combattant. Vous trouverez ci-dessous quelques informations qui vous seront je l’espère utiles.

Les sources d’information

PubMed :

Le site

C’est la source de référence pour les publications et je ne vous ferai pas l’affront de vous décrire l’utilisation de base qui est proche de tous les moteurs dit « booléens » dont google est l’exemple qui nous est le plus familier. Je ne détaillerai donc ici que quelques fonctions moins évidentes.

L’adresse du site est http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed.

My NCBI

NCBI

La fonction « My NCBI » est très utile car elle vous permet d’accéder à votre espace personnel et d’enregistrer le fruit de vos recherches bibliographiques.

Une collection est le fruit d’une recherche bibliographique que vous sauvegardez. Lorsque vous faites la bibliographie sur un sujet et que vous voyez un article qui vous parait essentiel, par exemple vous travaillez sur la LLC et vous venez de retrouver l’article du Pr Binet sur sa classification, vous voulez le garder pour pouvoir le citer. Pour cela cochez la case qui précède l’article et allez alors dans « send to » sélectionnez « collection ». Vous pouvez alors soit créer une nouvelle collection (« create a new collection ») soit l’adjoindre à une collection existante (« Append to an existing collection »). Vous pouvez alors récapituler tous vos articles à la fin de votre recherche en allant dans My NCBI et cliquer sur la collection que vous venez de créer.

My NCBI vous permet aussi de savoir laquelle de vos sources (APHP, INSERM, CNRS) va vous permettre de récupérer l’article en effet vous pouvez référencer les sources auxquelles vous avez accès. Pour cela  allez dans « search filter » puis dans « pubmed » et enfin dans « browse filter », puis « link out » puis « librairies ». Là vous allez chercher le lien de l’aphp.

 

Cliquez sur le lien, puis sur « add as link icon ».

Allez ensuite dans l’onglet préférences

Puis cliquez sur « Result Display Settings » et sélectionnez « abstract » et sauvegardez.

Allez maintenant dans PubMed après vous être identifié dans NCBI faite une recherche. Les réponses apparaissent sous la forme suivante :

Dans l’exemple précédent j’ai aussi accès à cette article par la BIUM, l’institut pasteur ou le site de l’UPMC (mais en papier pour l’UPMC lorsque c’est le logo UPMC qui apparait et en version pdf lorsque c’est le logo JUBIL). Vous pouvez insérer comme dans cet exemple plusieurs fournisseurs (Biblioinserm, Bibliovie, APHP…..).

Les notions de base pour faire une recherche

Ciblez la recherche que vous voulez faire et qui le plus souvent se résume comme l’une de ces trois possibilités :

-          Je veux me mettre au point sur un sujet en lisant un papier qui me permettra rapidement d’être  à jour

-          Je suis spécialiste d’un sujet et je veux donc être exhaustif lors de ma recherche

-          Je cherche l’article que mon chef m’a demandé de lire pour la biblio de la semaine prochaine.

Je veux me mettre au point sur un sujet en lisant un papier qui me permettra rapidement d’être à jour

Votre objectif est donc de ne surtout pas vous noyer dans un grand nombre de références. Pour l’exemple nous choisirons la leucémie lymphoïde chronique.

1)       Tout d’abord je passe par le MeSH qui référence tous les synonymes sous lesquels la leucémie lymphoïde chronique est apparue dans la littérature il permet d’avoir une réponse plus ciblée car si vous tapez directement lymphome non hodgkinien (LNH) vous aurez dans vos réponse tous les papiers sur la maladie de Hodgkin et tous les LNH or la maladie de Hodgkin ne vous intéresse pas. Pour chercher dans le MeSH sélectionnez Mesh dans l’onglet « search » à la place de pubmed.

Dans les résultats obtenus cliquez sur le 1er Leukemia, Lymphocytic, Chronic, B-Cell qui correspond à votre recherche. Sélectionnez alors la case LLC puis si un sujet des sous titres vous intéresse particulièrement sélectionnez-le par exemple classification si vous cherchez l’article de Binet de tout à l’heure.

Puis dans l’onglet « send to » sélectionnez « search box with AND » une boite de recherche apparait alors et cliquez sur « search PubMed »

2)       Une fois la recherche MeSH faite vous obtenez dans PubMed 9000 articles. Il va vous falloir affiner votre recherche.

a.        Eliminez tous les articles en taïwanais, etc … en utilisant les limites (en cliquant sur limits) au dessus de la boite de recherche et en sélectionnant anglais. Vous n’avez plus que 8000 articles.

b.       Vous devez chercher un article qui soit une revue de la littérature pour cela repartez dans les limites et vous avez le choix entre une revue simple de la littérature ou une revue systématique (plus pertinente quand vous explorez un sujet en particulier par exemple les cytopénies liés à la LLC). Sélectionnez donc Systematic reviews (qui ne concerne que les articles ayant repris statistiquement les données cliniques des essais randomisés.) dans les limites via la catégorie subsets. Vous n’avez plus que 58 références. Vous n’avez plus qu’à choisir la revue qui vous convient par exemple : la revue de Blood de 2008.

Si vous choisissez review (prends en compte toutes les revues de la littérature) dans l’onglet type of article vous avez alors 1100 références et il vous aurait été plus difficile de trouver la revue qui correspond le plus à votre recherche.

3)       Une astuce est pour se limiter aux journaux les plus importants de cocher la limite « core clinical journal » qui ne recherche que dans les journaux ayant le plus gros impact factor et fait un tri. la liste de ces journaux est disponible sur NCBI à l’adresse : http://www.nlm.nih.gov/bsd/aim.html

Je suis spécialiste d’un sujet et je veux donc être exhaustif lors de ma recherche …. et surtout rester à jour !

Si vous êtes spécialistes je ne vous ferais pas une leçon sur comment faire une recherche exhaustive. Mais le plus important est de bien cibler votre recherche en utilisant les limites d’une part (comme précédemment décrit) mais aussi les options de la recherche avancée avec les opérateurs AND, OR, NOT.

Votre but est donc de rester à jour une fois la recherche faite. Pour cela vous pouvez enregistrer dans MyNCBI votre équation de recherche et demander à PubMed de vous envoyer un mail à chaque nouvel article publié. Pour cela faites votre recherche dans PubMed puis cliquez sur « save search ».

Cliquez sur save puis sélectionnez la fréquence d’envoi des mails. Un mail vous sera envoyé  tous les mois par exemple vous indiquant  les nouvelles réponses à votre recherche. Vous resterez ainsi à jour.

 

Je cherche l’article que mon chef m’a demandé de lire pour la biblio de la semaine prochaine.

Votre chef vous a demandé de sortir « l’article de blood de l’année dernière sur la P53 chez les patients ayant une LLC traités par fluda. Mais je ne me souviens pas de l’auteur. Tu verras c’est facile »

Vous pouvez effectuer une rechercher directement dans la fenêtre de PubMed. Mais il existe une fonction prévue qui s’appelle le single citation matcher. Vous le retrouvez sur la page d’accueil de PubMed.

Vous pouvez chercher en quelques secondes tous les articles de Blood de 2009. Ça ne révolutionne pas PubMed mais c’est pratique.

 

 

Google scholar :

L’adresse est la suivante : http://scholar.google.fr/. Ce moteur alternatif a pour avantage de donner le nombre de citations d’un article par d’autres auteurs.

Pour les geeks, les applications iPhone :

PubMed on tap: http://itunes.apple.com/fr/app/pubmed-on-tap/id301316540?mt=8

PubMed on tap Lite: http://itunes.apple.com/fr/app/pubmed-on-tap-lite/id305588028?mt=8

Orkov: http://itunes.apple.com/fr/app/orkov/id336927484?mt=8

Mobile abstract : http://itunes.apple.com/fr/app/mobile-abstracts/id348575624?mt=8

Papers: http://itunes.apple.com/fr/app/papers/id304655618?mt=8

Pub search: http://itunes.apple.com/fr/app/pubsearch/id287239420?mt=8

Biogene: http://itunes.apple.com/fr/app/biogene/id333180084?mt=8 J’ai un petit faible pour celle ci qui vous permet de tout savoir sur une protéine quelle qu’elle soit. (Les restes de mon master d’immuno…)

Comment obtenir les fichiers en pdf ? La valse des codes…..

Les contenus fournis par l’aphp

Si vous êtes à l’hôpital, vous avez accès directement aux revues pour lesquelles l’aphp a un abonnement (le nombre diminue avec le rationnement que subit l’aphp) depuis n’importe quel poste branché dans l’hôpital. Vous avez la liste des revues disponibles sur le site du siège de l’aphp (http://portail.ap-hop-paris.fr/) dans les ressources documentaires (http://reseaudoc.aphp.fr/) si vous êtes sur un poste aphp.

Depuis chez vous vous pouvez avoir accès aux revues en demandant des codes qui sont aussi accessibles aux internes. Cliquez sur accès distant, remplissez le formulaire téléchargeable et renvoyez-le au référent de votre hôpital dans la liste qui apparaît alors. Sous quelques semaines (………) vous recevrez vos codes.

L’université à la rescousse

Le service commun de documentation de chaque université permet d’avoir accès à un bon nombre de revues en ligne depuis chez vous. Les principaux sites sont les suivants :

Paris 5 : http://www.bu.univ-paris5.fr/spip.php?article290

Paris 6 : http://jubil.upmc.fr/repons/portal/

Paris 7 : http://bibliotheque.univ-paris-diderot.fr/

Paris 11 : http://www.u-psud.fr/fr/biblio/periodiques.html

Paris 13 : http://www.univ-paris13.fr/bu/revues-electroniques.html

Le principe est toujours le même : vous choisissez dans une liste de revues celles qui vous intéressent et vous cliquez sur le lien d’accès distant.

Vous devez alors vous identifier pour avoir accès  à votre revue (le plus souvent c’est le même identifiant que votre boite mail de l’université). Vous n’avez bien-sûr accès qu’au service de votre université.

Les unités INSERM et CNRS

Accessibles si vous travaillez au sein d’une unité INSERM ou CNRS, mais la plupart des PUPH ont des codes pour l’un ou l’autre que vous pouvez leur demander. Ces sites sont beaucoup plus fournis que le catalogue de l’APHP.

Le site biblio INSERM : http://biblioinserm.inist.fr/

Le site bibliovie : http://bibliovie.inist.fr/

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